Tutkimusten myötä tsekinpaimenkoirilla esiintyy samoja sairauksia kuin monilla muillakin koiraroduilla. Populaation pienen koon vuoksi tutkittua tietoa ei ole riittävästi kattavan yhteenvedon tekemiseen. Terveyskyselylomake on nyt julkaistu, jotta päästään keräämään tietoa hyvin laajalti sellaisista sairauksista, jotka on monilla roduilla yleisesti todettu perinnöllisiksi. Rodun kotimaassa Tsekeissä kirjattuja terveystietoja ovat vain lonkat ja nykyään myös kyynärät. 
 
Tsekinpaimenkoirilla on tavattu lonkka- ja kyynärvikaa, selkämuutoksia (uusien kuvausten myötä), DM:ää, purentavikaa ja hammaspuutoksia, kivespuutoksia, epilepsiaa, syöpää sekä allergioita ja erilaisia iho-oireita. Tutkimukset ja kyselyt ympäri maailmaa ovat kuitenkin vielä hyvin alussa, joten kattavaa tilastoa ei ole vielä saatavilla. Lisäksi sukusiitosprosentit ovat vielä hyvin korkeat ja niihin on kiinnitettävä huomiota.

Lisää tietoja terveysasioista (pdf):